Duże straty w przechowalniach może powodować może powodować rozwój chorób, do których zalicza się: zarazę ziemniaczaną, mokrą i mieszaną zgniliznę, suchą zgniliznę i fomozę.

Zaraza ziemniaczana- bardzo niebezpieczna choroba, chociaż jej znaczenie maleje ze względu na wyhodowane odporne odmiany i dobre fungicydy. Źródłem pierwotnym są chore sadzeniaki, przede wszystkim należy pamiętać o obsuszeniu bulw po wykopkach i prawidłowym wentylowaniu ziemniaków zimą.

Sucha zgnilizna- bardzo popularna choroba, występuje głównie w okaleczonych bulwach. Im większe uszkodzenie tym większe prawdopodobieństwo porażenia. Stymulujący wpływ na tą chorobę ma wentylacja. Niska temperatura hamuje rozwój grzyba.

Mokra zgnilizna- to choroba bakteryjna. Występowanie i rozwój tej choroby zależy od środowiska. Wysoka temperatura, wysoka wilgotność powietrza i duże stężenie CO? stymulują chorobę w kopcu.

Fomoza- jest chorobą grzybową, która atakuje przede wszystkim bulwy uszkodzone. Deszczowa pogoda w czasie zbiorów, oraz niskie temperatury stymulują tą chorobę.

Zgnilizna mieszana- dochodzi do niej wówczas, gdy kilka patogenów wniknie do bulwy. Jest chorobą bardzo agresywną. Podwyższona wilgotność i podwyższona zawartość CO?.